牡丹区是菏泽市中心主城区，历史悠久，文化底蕴深厚，是伏羲桑梓、尧舜故里，中华祖源文化主要发祥地之一，下辖7个街道办事处、11个镇、1个省级经济开发区，总面积1047平方公里，人口115万；是闻名全国的戏曲之乡、书画之乡、武术之乡、曲艺之乡和中国牡丹之都。牡丹区区位优越，交通便利快捷，菏东、日兰、济广、德上、阳新高速纵横交错；雄商高铁、鲁南高铁“十”字型交汇，牡丹机场通航全国重要城市。
菏泽牡丹经济开发区始建于2001年，原名山东菏泽牡丹工业园区。2006年3月被省政府批准为省级开发区。2019年1月更名为菏泽牡丹经济开发区。2023年4月，省政府批复同意菏泽牡丹经济开发区调整规划面积《关于调整菏泽牡丹经济开发区等省级经济开发区规划面积的批复》（鲁政字【2023】51号），调整后的菏泽牡丹经济开发区由“一区三园”组成，“一区”即省级牡丹经济开发区，“三园”指吴店高端装备制造产业园、沙土休闲食品特色产业园、皇镇陆港产业新城产业园,总面积1490.86公顷。区块一：吴店高端装备制造产业园，面积649.57公顷，四至范围为东至刘民路，南至规划路，西至科技大道，北至富民路北200米；区块二：沙土休闲食品特色产业园，面积309.21公顷，四至范围为东至裕西路、丽水路、裕城路，南至新兖石铁路、长安路、文化路，西至文明路，北至规划路；区块三：皇镇陆港产业新城产业园，面积532.08公顷，四至范围为东至电厂东路，南至淮河路，西至规划路，北至顺畅路。