（一）吴店高端装备制造产业园。牡丹区吴店镇是省级示范镇、市级重点镇，吴店高端装备制造产业园位于吴店镇西南部，距菏泽城区6公里，南邻菏宝高速，西临阳新高速，刘民路贯穿园区，与市区融为一体，交通便利。园区规划面积649.57公顷，现有符合规划建设用地387公顷。现已建成“三横五纵”的道路交通网，给水、排水、燃气、通信等管网配套齐全，污水处理厂、集中供热站已完成规划设计。
（二）沙土休闲食品特色产业园。牡丹区沙土镇是国家重点镇，省级示范镇，山东省农产品加工业示范园区，全省绿色休闲食品特色产业集群，素有“食品城”之美称，其中甘蓝、胡萝卜成功获批农产品地理标志认证。沙土休闲食品特色产业园位于沙土镇南部，紧临327国道，距离菏泽市区、定陶区、巨野县、郓城县均为25公里，是菏泽市重点区域中心，距牡丹机场直线距离约6公里，距济广高速出入口仅4公里；园区规划面积309.21公顷，现有符合规划建设用地167公顷。园区道路、给水、排水、电力、热力、燃气、电信、污水处理等基础设施配套齐全。2023年5月，“菏泽沙土集—日照”海铁联运通道成功开通，标志着沙土、皇镇园区及周边地区企业货物外运选择更多、效率更高、成本更低。
（三）皇镇陆港产业新城产业园。园区位于牡丹区皇镇办事处，地处菏泽鲁西新区起步区内，西临日兰高速，北靠新石铁路，南依洙水河，距菏泽高铁站、牡丹机场的车程均为15分钟。园区规划面积 532.08公顷，现有符合规划的建设用地249公顷。