菏泽经济开发区紧紧围绕省“十强产业”和市“231”特色产业体系，锚定高端装备制造、生物医药、新能源新材料三大主导产业和新一代信息技术产业，加速产业转型升级和集聚，“四个一批”格局凸显，“热带雨林”式特色产业体系正加速形成。
生物医药产业：拥有生物医药企业41家，其中规模以上企业10家，初步形成了以新药研发 创新、医疗器械、诊断试剂、生物制药、特医食品为代表的生物医药产业集群区。
智能制造产业：高端装备产业集群入选山东省“十强”产业“雁阵形”集群储备库，现有装备制造产业园、智能装备产业园两个产业聚集区，重点发展机电装备、电子电器、新能源汽车零部件等新兴高端装备制造业，2022年实现产值80.1亿元，同比增长42.61%。
新一代信息技术产业：新一代信息技术产业现有鲁西南大数据中心、大唐5G网络山东生产运营总部基地等重点项目，具备了良好的发展基础。根据发展规划和产业定位，新区将着力在大数据、5G、工业互联网等领域集聚一批具有引领性的技术、产品和企业。