烟台综合保税区享受国家特殊监管区一系列保税、免税、退税等方面的税收政策、海关政策和外汇政策。
2019年1月，国务院出台了《关于促进综合保税区高水平高质量发展的意见》，围绕加工制造、研发设计、物流分拨、检测维修、销售服务五大中心建设，出台了促进综合保税区发展的21条措施。
除国家政策外，烟台综合保税区还出台了对项目和企业的扶持政策，形成了涵盖外资、外贸、跨境电子商务等新业态发展的政策框架。此外，对入驻园区的重大项目采取“一事一议”给予重点扶持。