国家赋予综保区的政策主要分为税收优惠政策、贸易便利化政策、保税监管政策、自贸区复制推广政策和外汇政策。
税收优惠政策主要体现在三个方面：保、免、退。
“保”是保税政策。从境外入区的货物，暂缓缴纳进口关税及进口环节税，企业可以根据将来货物流向再决定是否征税进口。保税政策是综合保税区最基本、最核心的税收政策，区内保税加工、保税物流、保税服务等业务普遍适用该政策。
“免” 是免税政策。境外进口入区环节，区内基建项目所需物资、生产所需设备及零部件、办公所需合理数量的用品，除另有规定外，免予征收进口关税和进口环节税。区内、区间流转环节，不征收货物国内环节增值税和消费税。区内离境出口环节，不征收货物出口关税和增值税、消费税。
“退” 是退税政策 。从境内区外出口入区的货物，除另有规定外，予以国内环节增值税、消费税出口退（免）税。在税收管理方面，基于封闭围网的监管条件，海关对综合保税区实行较为宽松的监管制度，如对区内货物不实行担保管理、对区内加工贸易货物不实行单耗标准管理、不设货物仓储期限等。
其他政策：
贸易便利化政策：除法律、行政法规和规章另行规定外，与境外之间进出口的货物，不实行出口配额、许可证件管理等。
保税监管政策：区内保税存储不设存储期限。 区内企业之间保税货物可以自由流转。
自贸区复制推广政策 ：一般纳税人资格试点、委内加工、保税展示交易 批次进出、集中申报集中汇总纳税制度、保税物流联网监管制度等。
外汇政策：进出区（境外）货物可用外币或人民币结算。