综合保税区享有“进境保税、入区退税、免增值税、区港直通、集中申报、快速中转”等优惠政策，以及国家允许在综合保税区复制推广的自由贸易区创新政策。
税收政策
1.基建物资及设备进口免征进口关税和进口环节税。
(1)区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资免税;
(2)区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件免税;
(3)区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品，区内企业从国外进口自用的机器、设备免税。
自国务院批准设立综合保税区之日起，入区企业进口自用的机器设备等，可免征进口关税和进口环节税。
2.境内(指境内区外，下同)货物入区视同出口实行出口退税。
3.区内货物进入境内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际报验状态征税(经批准或授权的除外)。
4.选择性征收关税政策。区内企业生产、加工并销往区外的保税货物，企业可以选择按其对应进口料件或者按实际报验状态缴纳进口关税。
5.跨境电子商务零售进口税收政策。区内企业开展跨境电子商务网购保税进口业务可以享受跨境电子商务零售进口税收政策。
6.区内企业之间货物交易免征增值税、消费税。
7.区内企业(增值税一般纳税人资格试点企业除外)从区外购进并用于生产耗用的水(包括蒸汽)、电力、燃气视同出口货物实行退税。
8.经批准或授权可以享受的税收政策。
(1)赋予区内企业增值税一般纳税人资格政策。经备案试点的区内企业可自愿申请成为试点企业，并按规定办理增值税一般纳税人资格登记，自增值税一般纳税人资格生效之日起，可享受进口自用设备暂免进口税收后按内外销比例年度补缴税款、内销货物向税务机关申报缴纳增值税和消费税并按规定向海关缴纳进口税收以及缓税利息、外销货物适用出口退(免)税政策、增值税可按规定抵扣等具体政策;
(2)经批准或授权的其他税收政策。
贸易管制政策
除法律、行政法规和规章另有规定外，与境外之间进出的货物，不实行进出口配额、许可证件管理。区内生产制造的手机、汽车零部件等重点产品从自动进口许可证管理货物目录中剔除。
保税监管政策
1.区内保税存储货物不设存储期限。
2.进口货物入区保税。
3.区内企业之间保税货物可以自由流转。
4.具有整车进口口岸的地级市行政区划内(含直辖市)的综合保税区可以开展进口汽车保税存储、展示等业务。
外汇政策
进出区(境内区外)货物可用外币或人民币结算。
特殊贸易便利化措施
1.区内加工制造企业可利用剩余产能承接境内区外委托加工。
2.区内实施企业自主备案、合理自定核销周期、自主核报、自主补缴税款并简化海关业务核准手续。
3.区内新设的研发设计、加工制造企业，经评定符合有关标准的，直接赋予最高信用等级。
4.除禁止进境的外，区内企业从境外进口且在区内用于研发的货物、物品，免于提交许可证件，进口的消耗性材料根据实际研发耗用核销。
5.对境内入区的不涉出口关税、不涉贸易管制证件、不要求退税且不纳入海关统计的货物、物品，实施便捷进出区管理模式。
6.区内实行数据自动比对、卡口自动核放，保税货物点对点直接流转。
7.区内企业进口的医疗器械用于研发、展示的，可不办理相关注册或备案手续。
8.文物自境外入区实施入区登记审核。艺术品在综合保税区与境外之间进出的，免办文化和旅游行政部门批准文件。
9.区内企业从境外进口已获批的人用疫苗或体外诊断试剂，可在具备必要监管查验条件的综合保税区内查验。境外入区的食品，如需检测的，在抽样后即放行，对境外入区动植物产品的检验项目，实行“先入区、后检测”，根据检测结果进行后续处置。
10.对注册在综合保税区内的融资租赁企业进出口飞机、船舶和海洋工程结构物等大型设备，不具备实际入区条件的，可实行海关异地委托监管。
11.区内企业可以办理集中申报手续。实行集中申报的区内企业在海关规定的期限内对申报清单数据进行归并后向海关办理集中申报手续。集中申报适用报关单集中申报之日实施的税率、汇率。
12.允许非保税货物以非报关方式进入综合保税区，与保税货物集拼、分拨后，实际离境出口或出区返回境内。