微山开发区规模以上企业185家，高新技术企业70家，形成了以新能源、新材料、生物医药、新一代信息技术为重点，以健康食品、装备制造、纺织服装为特色的产业体系。
新能源产业重点发展光伏、锂电池生产、储能、LED相关产品生产等核心产业。先后引进了润峰电力、派智新能源、派智电子、微山湖锂动等一批光伏组件及电池生产企业。
新材料产业重点发展稀土材料、木塑材料、塑料包装等产业。依托微山县稀土储量，引进了中稀（山东）稀土开发有限公司进行稀土深加工项目；山东宜居新材料有限公司是中国木塑行业产品标准制定者之一，已形成集生态家居研发、生产、销售、装饰、设计为一体的综合经营新格局；塑料包装生产企业20余家，建成了泰康、富力、鑫亮、联众、众鑫等一批具有一定规模的重点企业。
生物医药产业，把握全球生物技术和医药产业发展新趋势，围绕产业发展需求，以昊福药业、康源堂中药饮片、亨洁医药包装、欣荣生物科技为基础，利用微山湖本地药用水蛭、蟾酥、芡实、莲芯、莲蕊等中药资源，提升发展中成药，优先发展生物制剂，重点发展高端医疗器械，延伸和完善产业链，促进生物医药产业集聚发展、转型发展和健康发展。
新一代信息技术产业，已逐步形成以集成电路设计、芯片制造、集成电路封装测试产品和服务等为主导的电子信息产业，集聚了微山湖电子、霓虹王电子、悦久科技、佳佑电子等重点企业。《微山县人民政府关于进一步推进信息产业发展的意见》明确提出，要把开发区打造成全县信息产业的聚集区，重点发展集成电路和元器件、软件和信息服务、LED照明、电子商务等产业。在政策利好和市场需求推动下，开发区电子信息产业将迎来新一轮发展契机。
健康食品产业，发挥微山湖农鱼产品资源优势，依托微山湖经贸实业、微山远华食品、德道源食品、雨润食品等企业，高端发展渔湖产品加工，创新发展功能食品，特色发展果蔬加工，积极构建现代食品工业体系。支持骨干食品企业延伸产业链条，推进原料生产、加工物流、市场营销等环节融合发展。
装备制造产业，以现有产业为根基，重点瞄准游艇制造、矿山设备制造和金属型材制造三大领域，以大、高、外项目为突破点，大力培育航宇船舶、诺泰机电、金源不锈钢等骨干企业以及上下游产业链，建成以创新引领、智能高效、绿色低碳、结构优化为核心特征的高端装备制造业体系。
纺织服装产业，以高档纱线为主攻方向，依托微山虹纬纺织科技有限公司、山东道格拉斯纺织有限公司，整合西平纺织产业优势，大力推进技术进步和产业升级，淘汰落后设备，大力开发高附加值和生态、环保纺织产品，力争打造全省高端纺织生产基地。