开发区下辖新材料产业园、高端装备产业园、食品产业园、商贸物流园四个特色产业园，采取“一区四园”模式运营管理。
围绕煤基新材料、生物基新材料、石墨烯新材料、生物医药和高端精细化学品等产业，建设发展了新材料产业园。目前产业园以凯赛生物、黑猫炭黑、键邦化工、衡兴新材料等为龙头，相继被国家和省政府命名为“中国化工新材料（济宁）产业基地”、“中国新型煤基化工（济宁）产业基地”、“中国新型工业化产业示范基地”、“山东省石墨烯产业化示范基地”，连续六年承办全国新材料会议，连续九年被评为“中国化工园区20强”，是中石化联合会园区委副主任委员单位、全国化工园区标准化建设8大示范区之一，成为全国12大智慧园区试点示范区。
围绕智能输配电及高端装备制造产业，通过传统产业转型升级和新兴产业培育，建设发展了高端装备产业园。目前产业园以金曼克集团、金人电器、鲁特电气、北工大国家大学科技园等为龙头，拥有中国驰名商标1家，“山东省著名商标”企业2家、“山东省名牌产品”企业5家，先后荣获山东省优质变压器生产基地、山东省输配电产业集群、国家小型微型企业创业创新示范基地等荣誉称号。
依托金乡县及周边农产品资源优势为特色产业优势，形成了大蒜产业、辣椒产业、烘焙休闲食品产业、生物技术产业和内陆港冷链物流产业等五大特色产业，建设发展了食品产业园。目前产业园以稻香村集团、美国喜万年、新加坡奥兰集团等为龙头，先后被授予中国特色食品产业集聚区、国家农业产业化示范基地、全国农产品加工业示范基地、山东省跨境电商产业聚集区、省级蔬菜制品生产加工示范基地等多项国家和省级荣誉称号。
立足金乡大蒜市场优势，围绕“打造鲁苏豫皖边区商贸物流新高地”的战略目标，建设发展了商贸物流园。以金乡大蒜国际交易市场、凯盛国际农产品物流园、金恒国际冷链物流园等为龙头，其中金乡大蒜国际交易市场已成为全国大蒜的交易中心、物流配送中心、信息服务中心及价格形成中心。先后荣获“山东省重点服务业园区”、“中国物流实验基地”、“全国优秀物流园区”、“全国优秀智慧物流园区创新示范案例”等多项荣誉称号，被国家发改委和自然资源部列为全国示范物流园区。